Я привык выносить наиболее часто используемые каталоги вверх списка, ставя в начало их имени символ подчеркивания "_". Восприятию это не мешает, зато облегчает работу с большим массивом данных. Однако на Ubuntu 14.04 за меня домыслили, что символы эти учитывать не надо. Это напрягает. Ставить перед именем каталогов цифры уже перегружает восприятие.
К счаcтью я нашёл решение
Оно будет работать в консоли, в mc, Krusader, Double commander, Gwenview, вероятно и других оболочках. Однако в Nautilus сортировка после этого работать не будет. Nautilus`у потребуется перезагрузка. Потому, что я не знаю гномьего аналога sudo /etc/init.d/gdm restart под юнити.
Решение - исправить свою локаль:
sudo gedit /usr/share/i18n/locales/ru_RU
Где ru_RU - ваша локаль. Если ваш язык отличается, посмотрите подходящий файл в этом каталоге и действуйте по аналогии.
Добавьте следующие строки прямо ПЕРЕД ПЕРВЫМ 'reorder-after':
В целях защиты от спама, добавлять комментарии могут только зарегистрированные пользователи.
Если Вы не хотите регистрироваться под своим именем, войдите под логином: anonymous, паролем: anonymous.  
( Регистрация,   Вход).