Synergy в край уже надоел своими глюками - пропадает копипаста, отваливаются клиенты. Буду искать альтернативу, но под Linux пока кажется её просто нет. 

Ссылки для изучения:

В случае глюков быстро грохнуть все процессы Synergy разом:

kill $(ps axu|grep synergy | awk '{print $2}')

Команда kill убивает процессы по номерам, а конвеер в скобках () формирует их список. Команды между первыми двумя пайпами | |  выводят таблицу найденных по имени процессов, а awk фильтрует вывод только 2й колонкой с номерами процессов.  Один из процессов с наибольшим номером липовый, и на него будет ошибка, но это не существенно. После отработки команды просто запустить Synergy снова.